当头皮菌相处在不平衡的情况之下，过多的代谢物很可能造成「环境污染」，激活免疫细胞造成发炎反应，扰乱角质细胞的代谢周期，导致头皮过敏、干燥或油腻、发炎红肿、痒、病态性头皮屑……，也会让毛囊萎缩、发丝枯槁、异常掉发……，甚至有的代谢脂质会造成头皮脂漏、毛穴阻塞的毛囊炎等等。总结来说，头皮常在菌的代谢产物对人体好处多多，但如果让某一种常在菌处于优势状态。

头皮常在菌代谢所产生的脂肪酶和脂肪酸，具有强大的抗菌功能，可提升头皮防御力。它还会参与头皮和毛囊细胞发育，并且能够促进头皮新陈代谢，维持适当皮脂量，以对抗各种毒素、过敏原及病毒，形成头皮的营养和保护层，可说是最天然的护发大队。

值得一提的是，头皮常在菌产生的代谢物，成分复杂又多样化，包括：小分子的生物素、油脂、胜肽、维生素等，而且其中的胜肽、维生素 B 群、某类胺基酸或脂肪酸等，很多都是人体细胞无法制造的。

头皮常在菌除了靠人体不要的角质细胞、汗水、皮脂等老旧废弃物维生之外，牠们在消化食物的过程中，还做出了两大贡献：

贡献一、分解容易引起细胞发炎的「活性氧化物」(Reactive oxygen species, ROS)。

形成具有驱除病原体入侵的「生物膜」(Biofilm)，并分泌多种防止有害微生物滋生的物质，同时达到保护皮肤、预防过敏的功能。

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